En mayo de 2022, Heredia fue involucrado con el dirigente de más de 20 años de estadía en la institución, Álvaro Quelali, a quien acreditó su dirigencia en la Federación Universitaria Local (FUL), asimismo, denunciaron que avaló una elección de delegados, que no se realizó, para el XIII Congreso Nacional de Universidades en Potosí .
“Instruir, el archivo de obrados y antecedentes sobre la solicitud de la Univ. Karen Kely Apaza Coaquira, de inicio de proceso universitario en contra del M.Sc. Oscar Arnaldo Heredia Vargas, rector de la Universidad Mayor de San Andrés, por no haber sido encontrados suficientes elementos probatorios que adecuen los hechos denunciados a las causales de inicio de proceso, y en conformidad a las facultades otorgadas a ésta instancia de cogobierno universitario, contempladas en el Reglamento de Procesos Universitarios, Art.26 De la Remisión, inciso c)”, se lee en la resolución del Comité Ejecutivo del Honorable Consejo Universitario.
La denunciante anunció la interposición del recurso de impugnación que corresponda.