Fue un 12 de abril de 1925, el club nació en una casa del centro de La Paz en la calle Junín, a menos de dos cuadras de la plaza Murillo. Se reunió allí un grupo de jóvenes que decidió crear un club de fútbol con un nombre inusual, Bolívar, en homenaje al Libertador Simón Bolívar.
Nacido como Club Atlético Bolívar, fue cambiando su nombre con los años hasta quedarse como Club Bolívar en la actualidad. Su primer presidente fue Armando Gamarra.
Luego de su nacimiento, Bolívar tuvo que esperar dos años para competir de manera Amateur. En su debut en estos certámenes consiguió el subcampeonato. Pasaron los años y Bolívar comenzaba a ganar más reconocimientos.
Su primer título fue en 1932, luego obtuvo otros cinco campeonatos en el amateurismo (1937, 1939, 1940, 1941 y 1942) y ocho subcampeonatos (1927, 1930, 1938, 1943, 1945, 1946, 1947 y 1949).
El futbol boliviano cambió desde 1950, época marcada como el inicio del profesionalismo. Bolívar fue el primer campeón nacional. Figuras como el tupiceño Víctor Agustín Ugarte y del tarijeño Mario Mena, la Academia se consolidaba como gran protagonista en los torneos nacionales.
Bolívar obtuvo los títulos profesionales de 1953 y 1956 y el subcampeonato en 1951. A partir de 1960 y hasta 1977 en el torneo nacional Simón Bolívar logró los campeonatos de 1966,1968 y 1976 y los segundos lugares de 1969 y 1975. En el campeonato paceño obtuvo los títulos de 1966, 1969 y 1976 y los subcampeonatos de 1960,1968 y 1974.
Bolívar tuvo una época negra, el descenso de 1964, un año para el olvido del equipo académico. Al año siguiente, los bolivaristas ascendieron para marcar más historia.
La primera participación de Bolívar en la Copa Libertadores fue en 1967. Participó junto a 31 de Octubre de Bolivia, River Plate y Racing de Argentina y a Independiente Medellín e Independiente Santa Fe de Colombia. Terminó en el cuarto lugar entre seis equipos.
En el profesionalismo, Bolívar sumó seis títulos y tres subcampeonatos; luego, en 1977, nació la Liga del Fútbol Profesional Boliviano (LFPB), torneo nacional de clubes que Bolívar reinó con muchos números a su favor.
A partir de ahí sumó 23 títulos nacionales hasta el 2019, sumando a la creación de la División Profesional, que pondría en total 29 campeonatos desde 1950. Actualmente es el club más copero del futbol boliviano.